地牢中存在着多种宝箱，它们是获取中后期关键装备的重要来源。地牢宝箱主要分为两大类别：一类是需要黄金钥匙开启的黄金宝箱，另一类则是需要在困难模式（即击败血肉之墙后）才能开启的环境宝箱。黄金宝箱分布在地牢各处，需要使用黄金钥匙开启，而黄金钥匙可以通过击败地牢中的怪物随机掉落，其中地牢史莱姆被确认必定会掉落一把。开启这些黄金宝箱，玩家可以获得诸如妖刀村正、钴护盾、海蓝权杖、魔法导弹、蓝月、暗影钥匙、英勇球、骨头焊机以及手枪等一系列独有的武器和配饰，这些物品对于推进游戏进程和后续合成高级装备有着重要作用。
环境宝箱是地牢中更具挑战性和价值的宝藏，每个宝箱对应一种特定的生态环境，并蕴含着一把独一无二的强力武器。地牢的环境宝箱主要包括神圣宝箱、丛林宝箱、冰雪宝箱、腐化宝箱、血腥宝箱以及新增的沙漠宝箱。这些宝箱内的武器各具特色，例如神圣宝箱产出能持续输出光束的彩虹枪，丛林宝箱内含具有极高单体伤害的食人鱼枪，冰雪宝箱可开出能够放置并自动攻击的寒霜九头龙法杖，腐化宝箱提供能发射分裂吞噬者的腐化灾兵，而血腥宝箱则藏着兼具远程攻击与生命恢复效果的吸血鬼刀。新增的沙漠宝箱则可以开出沙漠虎杖，这是一件能召唤老虎仆从进行战斗的召唤武器。
开启这些环境宝箱需要对应的环境钥匙，而获取钥匙是一个系统性的收集与合成过程。玩家必须在困难模式下，前往相应的生态环境区域刷怪，才有极低概率获得该环境对应的模具，例如神圣模具或血腥模具。玩家还需要击败机械三王以收集力量之魂、视野之魂和恐惧之魂各5个，并击败世纪之花以获得神庙钥匙。当收集齐模具、三王魂和神庙钥匙后，便可在秘银砧或山铜砧处合成出对应的环境钥匙。合成好的钥匙无需装备，只需存放在背包中，在地牢找到对应颜色的环境宝箱后直接点击即可自动消耗钥匙并开启宝箱，获取其中的神器。
除了上述正规的开启方式外，游戏机制中曾存在一种非常规的开启方法，通常被称为卡箱子。此方法需要玩家准备四桶岩浆、一个水炸弹以及若干方块。具体操作是首先用方块将目标宝箱左右两侧封住，然后向宝箱位置倾倒四桶岩浆，再投入水炸弹，这会使宝箱转化为黑曜石并掉落出多个宝箱物品。挖掉黑曜石后，在原位置重新放置任何一个普通宝箱，该宝箱将继承原环境宝箱的内容且无需钥匙即可直接打开。需要指出的是，这种方法利用了特定版本的游戏机制，可能会影响正常游戏的挑战性和流程体验，因此在体验完整游戏内容的流程中并不推荐使用。
成功开启地牢环境宝箱并获取其中的武器，能显著提升玩家在游戏后期的战斗效率与生存能力。这些武器设计上各有侧重，例如彩虹枪擅长在狭长地形进行区域控制，吸血鬼刀能提供稳定的生命恢复以增强续航，而腐化灾兵则在清理大量怪物时表现出色。玩家应根据自己所选的职业发展方向，合理搭配这些武器与其他装备饰品，以应对诸如月亮领主等终极挑战。开启后的宝箱实体可以用镐子回收，用于自主建造存储系统，而宝箱内的物品是固定且唯一的，不可重复获取。
