城市失去控制是玩家常遇到的挑战，主要原因包括忠诚度系统崩溃、文化压力过大、军事防御薄弱以及资源管理失衡。忠诚度是核心机制，当城市忠诚度降至零时会叛变为自由城市，最终可能被其他文明吸收。文化压力来自周边文明的宗教或文化影响力，若长期处于劣势，城市会逐渐脱离控制。军事层面，缺乏驻军或防御设施的城市容易被敌方攻占或煽动叛乱。资源短缺如食物不足也会加速人口流失和城市衰败。
忠诚度系统与多种因素挂钩，包括总督任命、宜居度、时代评分和宗教归属。总督能显著提升忠诚度，而无总督或宜居度低的城市更容易叛变。黄金时代的文明对周边城市施加更大压力，而黑暗时代会削弱自身影响力。宗教冲突同样关键，若城市主流宗教与所属文明不同，每回合会扣除忠诚度。刚被征服的城市会因战争不满承受临时忠诚度惩罚，需驻军稳定局势。
文化压力是隐形威胁，尤其当其他文明进入黄金时代或拥有强大旅游业绩时。城市周围9格内若有多个敌对文明的高人口城市，其叠加的文化压力会快速侵蚀忠诚度。宗教单位传播异教、摇滚乐队举办演唱会等行为会进一步加剧文化侵蚀。玩家需通过修建剧院广场、招募伟人或开放边境政策来增强自身文化输出，抵消外部影响。
失去驻军的城市不仅易受军事攻击，还难以镇压间谍活动或游击队叛乱。城墙和防御建筑能延缓进攻，但长期被围困仍会因补给切断降低忠诚度。若敌方使用核武器摧毁关键基础设施，城市可能直接进入无政府状态。保持机动部队巡逻和盟友协防是预防措施。
人口增长超过住房上限将导致宜居度暴跌，连带影响忠诚度。缺乏战略资源无法维持高级兵种，削弱防御能力。金币赤字可能触发自动解散单位，进一步暴露城市弱点。玩家需平衡区域规划，确保粮食、生产力、金币的持续供给，并通过贸易路线补充短缺资源。
优先任命总督维克多或阿玛尼稳定高危区域，修建娱乐中心提升宜居度。利用政策卡如殖民政策增加新大陆城市忠诚度，或通过宗教审判清除异教。在文化弱势区域建造奇观如阿尔罕布拉宫提供额外军事政策槽。若城市已叛变，可快速夺回并启用驻军或狂欢节项目恢复控制。长期策略需围绕时代得分、宗教统一和文化输出展开系统布局。
