失落的方舟是中一个充满神秘色彩的地图，位于墓土的隐藏区域。想要进入这里，宝贝们需要先来到墓土第一张地图，然后往右侧的水域方向走。在水边会发现一艘小船，靠近后点击坐下图标，小船会自动带你前往失落的方舟。这段旅程会播放一段动画，结束后就能看到这片荒凉却充满故事的土地。
失落的方舟任务需要收集六种不同颜色的光芒，每种光芒对应一个先祖任务。第一个任务是寻找红色光芒，就在方舟后面的田地里，靠近触碰就能完成。接着是蓝色光芒，需要前往霞谷的溜冰场，可能在冰面或水下。青色光芒藏在云野入口的云层中，转身往回飞就能发现。绿色光芒在云野右侧隐藏图的浮岛上，需要耐心等待它从天而降。
紫色光芒在禁阁一层的双人门内，需要两人合作开门才能进入。橙色光芒位于雨林栈桥图的左侧树林中，稍微等待就会看到。每完成一个任务，记得回到方舟找先祖提交，这样方舟的环境会逐渐恢复生机。任务顺序没有限制，宝贝们可以根据自己的节奏慢慢探索。除了任务光芒，方舟还有两个光翼可以收集。一个在船头靠近螃蟹洞的位置，另一个在方舟后方黑水潭的小洞里。探索时注意避开黑暗植物和螃蟹，这些小家伙可能会打扰你的旅程。
