指挥官在游戏中代表着你的真实身份，是隐藏在战甲背后的操作者。完成名为第二场梦的系列任务后，你就能解锁指挥官的控制权。指挥官不仅拥有独立的外观和配饰，还能通过专精系统掌握五种不同的流派能力。这些流派各有特色，有的擅长攻击，有的偏向防御或辅助。指挥官的成长离不开专精经验，通过刷怪或任务可以积累经验来升级流派技能。
指挥官的核心武器是增幅器，初始会获得一把基础的微尘增幅器。想要更强大的增幅器，可以在地球的夜羽或金星的索拉里斯之声处兑换零件。不同零件组合能产生多种效果，比如223或233组合适合前期使用。增幅器的攻击方式独特，能对特定敌人造成有效伤害，尤其是在面对需要指挥官出场的任务时，一把好用的增幅器会让你事半功倍。
指挥官和战甲之间是互相依存的关系。战甲负责正面战斗，而指挥官能处理一些特殊场景。比如在挖掘任务中，指挥官和战甲可以分别拾取电池，提高效率。某些任务会强制要求使用指挥官，比如奥影母艇任务，这时战甲技能会被屏蔽，只能依靠指挥官或殁世机甲战斗。指挥官还能在战甲被控制时紧急脱离，避免陷入危险。
五种专精流派分别对应不同方向，Z专精适合回蓝，M专精强化攻击，U专精提升生存能力。专精经验需要通过装备专精晶体来积累，击杀敌人或完成任务都能获得。建议优先升级一种流派，后期再逐步解锁其他流派。专精技能不仅能增强指挥官，还能为战甲提供额外增益，比如回蓝或减伤效果。
