秘密森林是游戏早期就能接触到的隐藏区域，位于煤矿森林西北角，需要玩家使用钢斧砍断挡路的树干才能进入。这片区域每天会刷新6个硬木树桩，是前期获取硬木的重要来源，同时还能钓到稀有的木跃鱼。秘密森林西南方的池塘是游戏中唯一能捕获木跃鱼的地点，对于完成收集包的玩家来说至关重要。
下水道是另一个容易被忽略的隐藏区域，需要向博物馆捐赠60件物品后获得生锈的钥匙才能解锁。下水道居住着商人克罗布斯，玩家可以与他交易独特商品，还能解锁变异虫穴等特殊区域。突变虫穴是后期刷取虫肉和纤维的高效地点，也是唯一能钓到史莱姆鱼的场所。下水道有两个入口，分别位于鹈鹕镇南部和煤矿森林南部的下水道口，这种设计增加了探索的趣味性。
女巫沼泽和姜岛则代表了游戏中更为神秘的隐藏内容。女巫沼泽需要通过完成黑暗护身符任务解锁，玩家需要在突变虫穴取得护身符后才能进入。女巫小屋内的黑暗祭坛可以消除婚姻记忆或将孩子变成鸽子，这种机制在游戏中独树一帜。姜岛作为后期内容，提供了全新的生态系统和挑战，火山地牢的矮人锻造台捷径需要通过特定方式解锁，这种设计体现了游戏对探索深度的追求。
赌场系统隐藏得尤为巧妙，需要完成神秘的齐先生系列任务才能解锁。这个任务线包含多个步骤，比如激活隧道电箱到喂食沙之巨龙。赌场内不仅提供独特的游戏玩法，还能获取无尽财富雕像等稀有物品，赌场会员卡最终会在农场房屋左侧的木材堆中出现。
