成吉思汗战役分为多个关卡，每关的剧情推进依赖于玩家完成主线目标，例如统一蒙古各部、击败叛徒屈出律或征服敌对势力。初始阶段需通过外交或武力手段说服部落加入，后续关卡则要求玩家在资源有限的情况下快速扩张并应对多线作战。剧情触发并非线性，部分任务需要探索地图或与中立单位互动才能解锁。
第一关统一各部的剧情触发围绕部落联盟展开。玩家需派遣轻骑兵探索地图，收集20头绵羊交给克烈部，击杀灰狼欧鲁以换取维吾尔人支持，或将圣物送回弘吉剌部落的修道院。这些任务完成后，对应部落会立即加入阵营，并触发后续剧情对话。若玩家选择武力征服，则需击败泰赤乌或乃蛮部，但会引发其他部落的敌对反应。注意西辽势力会主动攻击，需提前防御。
第二关复仇人生的剧情核心是击杀叛徒屈出律。开局需保护奇观不被西辽摧毁，同时派骑兵追踪屈出律的逃跑路线。他可能藏匿于地图西部或混入敌军部队中，击杀后触发胜利动画。本关的隐藏剧情可通过快速击败屈出律解锁，但需在20分钟内完成。资源分配和兵种搭配至关重要，优先升级城堡时代并建造箭塔防御。
后续关卡如入主中原要求玩家阻止敌方建造奇观，或在其建成前攻破主城。剧情触发与时间限制紧密相关，拖延会导致任务失败。蒙古突骑和轻骑兵的机动性是关键，利用骑兵骚扰经济并快速摧毁关键建筑。部分剧情需通过占领特定建筑或俘虏敌方英雄单位触发，建议优先侦查地图边缘区域。
