传奇舰长是第二银河中最高品质的舰长，分为军人、科学家、工程师和探险家四种职业。他们的初始天资更高，能够自然领悟T3级别的后天特长，并驾驶T2和T3科技等级的舰船。传奇舰长的获取方式主要通过高级合同书，完成特定故事任务如代号M也可获得高级合同书。这类舰长的四维属性、先天与后天特长领悟能力均优于其他品质，尤其是第三艘舰船的科技等级达到T3，解锁需舰长18级，综合战力提升显著。
传奇舰长的职业直接影响其战斗或辅助定位。军人舰长专职战斗，擅长火力超载装置，适合作为主力输出；科学家舰长能加速科研线，并在战斗中提供护盾或能量投射支援；工程师舰长可加速生产线，同时强化自身防御能力；探险家舰长虽无战斗能力，但能高效完成矿物采集任务。舰长职业还决定其舰船升级路线，通常为护卫→巡洋→战列或驱逐→战巡→战列，但探险家可能随机到工业舰。
特长系统是传奇舰长的核心培养方向。特长分为科研、生产、派遣和战斗四类，先天特长由品质决定，后天特长可通过升级或特长芯片学习。退役舰长时有概率获得特长芯片，R1品质芯片可覆盖或新增特长，R3和R5芯片则用于升级已有特长。建议在舰长1级时使用芯片砸出2-4个T3R1特长，再通过升级优化属性。军人舰长优先提升火力与暴击特长，科学家侧重护盾投射和科研加速。
传奇舰长的实战价值体现在舰队编组与战术配合中。军人战列舰长适合作为主力输出，科学家战列舰长能大幅缩短科研耗时，工程师舰长可增强生产线效率。探险家虽无直接战斗力，但能为资源采集提供稳定保障。舰长的国籍也影响其武器类型，如天启帝国舰长使用激光炮，斯瓦罗斯共和国偏好磁轨炮，需根据阵容需求选择搭配。培养传奇舰长需长期投入资源，包括经验道具、特长芯片和装备强化。记忆移植体可快速提升等级，但需注意舰长评分受等级和特长共同影响。通过以强带弱的派遣方式，可逐步拉高低等级舰长实力。装备属性加成和科技研究也能进一步提升舰长战力，最终形成兼具输出、防御与辅助能力的全能舰队。
