运输系统是战略部署的核心环节之一，直接影响资源调配、部队机动和战场胜负。运输方式主要包括陆地行军、海上舰队运输以及空中运输机投送，每种方式各有优劣，需根据战场需求灵活选择。陆地行军适合短距离快速部署，但速度较慢且易受地形限制；海上运输能承载大量部队或物资，适合跨海域作战，但需提前建造港口并防范敌方海军拦截；空中运输速度最快，可实现远距离精准投送，但对燃油储备和空军基地等级要求较高。合理规划运输路线、提前侦察敌情并搭配护航力量是确保运输安全的基础。
运输效率与科技研发深度绑定，玩家需优先升级物流类科技以缩短运输时间、增加载重容量。研发机械化行军可提升陆军移动速度，高级舰船设计能解锁更大吨位的运输舰，航空燃油优化则减少空中运输的燃油消耗。运输设施的等级也至关重要，升级道路、铁路或港口可直接提升单位时间内的运输量。恶劣天气或复杂地形（如山地、沼泽）会显著降低效率，因此运输前务必通过侦察机或卫星地图确认环境条件。
部队与物资的安全运输离不开防御措施。陆运时应避免行军路线过于靠近敌方控制区，必要时可派遣侦察车提前探路；海运需组建护航编队，搭配驱逐舰或潜艇反制敌方海军；空运则依赖制空权，需提前清理航线上的敌方防空设施或战斗机。若资源充足，可在运输目标地周边建立临时防御工事或派遣快速反应部队接应。利用军团城市的共享军备系统，能调用盟友的运输载具或防御单位协同行动，大幅降低风险。
后期大规模作战中，混合运输策略往往更高效。先用运输机投送轻装步兵抢占关键据点，再通过铁路运输重型装甲单位巩固防线；或由海军舰队运送主力部队至沿海城市，后续补给则通过陆地卡车队持续跟进。需实时监控物资消耗，尤其是燃油和弹药库存，避免部队因补给中断丧失战斗力。军团战中，可通过军需部统一调度成员间的资源运输，集中优势兵力实施战略打击。
